El pasaje del ISEF a la UdelaR ha implicado el comienzo de un proceso de transformación conceptual y académica que ha comprendido una nueva construcción institucional y una reformulación de la docencia. El documento de departamentalización plantea: «Entendemos que una tarea inmediata consiste en definir y construir un nuevo equilibrio entre lo profesional y lo académico. De tradición profesionalista, el ISEF se encuentra ante una nueva institucionalidad que exige el desarrollo específicamente académico. Para ello debe reafirmar su historia en la formación de profesionales ligados a la educación física, el deporte y la recreación, e integrarse sostenidamente a la dinámica de la producción de conocimiento, al mismo tiempo que involucrarse en un diálogo comprometido con lo social desde la exigencia de la triple función tal como se establece en la Ley Orgánica de la Universidad de la República» (CDI, 2011).El proceso comenzado en 2009, requirió una nueva organización de la actividad docente en el modo que más claramente se engarza en la tradición universitaria: el Departamento. Su eje fundamental debe estar centrado en la producción de conocimiento, como lo expresa el Documento Final de Departamentalización aprobado por la Comisión Directiva (en punto 23 del acta 24 del 28/10/2011 y su ampliación en el punto 85 acta 28 del 09/12/2011).
«Un Departamento es la unidad académica y administrativa fundamental de la Universidad, responsable directa de la investigación, la docencia y la extensión en una o varias áreas afines del saber para lo cual agrupa los recursos humanos físicos y técnicos requeridos» (CDI, 2010, p. 2).
Los Departamentos creados son cuatro: Educación Física y Salud, Educación Física y Deporte, Educación Física y Tiempo Libre y Ocio, y Educación Física y Prácticas Corporales. La clave de su funcionamiento está en modificar la relación del docente con la institución, donde la estructura por departamentos debe pensarse de modo tal que la mayoría de los docentes desempeñen la triple función, abandonando la idea de la docencia vinculada estrictamente al dictado de un curso o materia» (CDI, 2010, p. 2-3).