El Instituto Superior de Educación Física (ISEF) es una escuela dependiente del Consejo Directivo Central que se rige por la Ley Orgánica de la Universidad de la República.

Por lo tanto, a partir de su ingreso a la Universidad, el Instituto es cogobernado por los 3 órdenes; estudiantes, docentes y egresados, los cuales integran la Asamblea de Claustro (que elige al director/a), la Comisión Directiva (órgano máximo de la institución) y las comisiones asesoras que la misma designe.