Desde 1939 el ISEF tiene su sede inicial en Montevideo. A partir de 1987 comenzó a funcionar el ISEF en Maldonado y en Paysandú, hoy pertenecientes a Centro Universitario Regional Este (CURE) y Centro Universitario Paysandú (CUP) respectivamente. A partir del 2013 se trabajará además en el Centro Universitario Rivera (CUR), correspondente al Centro Universitario Regional Noreste.