La enseñanza es la función tradicional que ha desarrollado el ISEF desde sus comienzos en 1939, siendo hasta el año 2000 el único centro de formación de técnicos y docentes en el campo profesional de la educación física, el deporte y la recreación.
Para la orientación y coordinación de los estudios comprendidos en la Universidad de la República, los respectivos órganos de cogobierno contarán con el asesoramiento de la Comisión Académica de Grado, que dependerá de la Comisión Sectorial de Enseñanza, sin perjuicio del asesoramiento de las comisiones de co-gobierno que se definan en cada caso y el respaldo de estructuras de apoyo a la enseñanza, como lo define el Art.15 de la Ordenanza de Grado aprobada en el CDC el 30 de agosto de 2011.
En el caso de los servicios como el ISEF, la Comisión Directiva debió designar un organismo denominado Comisión Académica de Grado (ver resolución), integrado por los directores de departamento y representantes de los 3 órdenes.
Además el servicio cuenta con las Comisiones de Carrera y la Unidad de Apoyo a la Enseñanza.