La investigación como otra de las funciones universitarias, se encuentra en pleno desarrollo en el Instituto a partir de diversas políticas plasmadas en acciones, actividades y proyecciones a futuro. Sin embargo, aún es de las funciones menos instaladas debido
a varios factores. Es un objetivo institucional, promover y facilitar el trabajo de investigación en sus diferentes facetas y contribuir al fortalecimiento de una cultura académica que jerarquice la producción de conocimiento de calidad en las distintas áreas de la educación física [ ver UAI / ver Grupos de Investigación ].
Actualmente la estructura del ISEF nuclea en Departamentos Académicos a los docentes; funcionando estos como asiento institucional de la investigación. Se considera imprescindible fortalecer las capacidades de investigación de los mismos para proyectar un Instituto que investiga y expande su campo de conocimiento.