El Instituto Superior de Educación Física es una institución pública, laica y gratuita, que a partir del 2006 es dependiente del Consejo Directivo Central de la Universidad de la República, la cual es autónoma y cogobernada.

Por ser una institución Universitaria, se guía por la Ley Orgánica donde se estipula que el organismo máximo del servicio sea su Consejo o Comisión Directiva.

La Comisión Directiva, por ser el ISEF un servicio cogobernado está conformado por estudiantes, egresados, docentes y el/la director/a, los cuales tienen voz y voto en todas las decisiones.
A su vez está conformada una Asamblea de Claustro, que asesora a la Comisión Directiva. Es según el Art. 43 de la Ley Orgánica «…el órgano elector en los casos que fija esta Ley y de asesoramiento de los demás órganos de la Facultad. Podrá tener iniciativa en materia de planes de estudio. Le compete asimismo emitir opinión de acuerdo al artículo 71, mientras no haga uso de esa facultad la Asamblea General del Claustro de acuerdo al inciso b) del artículo 28 en cuestiones académicas», estando ésta también representada por los 3 órdenes.